GenExpA to narzędzie służące do analizy danych i wizualizacji wyników z metody RT-qPCR - Ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym, opracowane na Uniwersytecie Jagiellońskim.
Analiza surowych danych to bardzo ważny etap prowadzenia badań. Na jej podstawie interpretowane są rezultaty i wyciągane wnioski. Coraz większa złożoność prac eksperymentalnych, jak i większa ilość otrzymanych wyników powoduje, iż naukowcy sięgają po narzędzia informatyczne ułatwiające analizy.
Jednym z takich narzędzi jest program komputerowy GenExpA, który został opracowany przez zespół naukowy z Wydziału Biologii Uniwersytetu Jagiellońskiego. GenExpA służy do analizy danych i wizualizacji wyników z metody RT-qPCR - Ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym. W metodzie tej poziom ekspresji badanych genów analizowany jest względem genu/genów referencyjnych, czyli takich, których poziom ekspresji powinien być stały niezależnie od czynników środowiskowych jakim podlega komórka lub jej stanu fizjologicznego. Dobór właściwego genu/genów kontrolnych jest istotnym etapem. Niepoprawnie wyznaczony gen referencyjny może skutkować błędnym oznaczeniem poziomu ekspresji genów badanych, a co za tym idzie – błędną interpretacją wyników.
Na rynku istnieją ogólnie dostępne programy do wybory referencji. Ich algorytmy posiadają jednak pewne ograniczenia, które czasem prowadzą do błędnej interpretacji wyników. Chcąc rozwiązać ten problem dr hab. Dorota Hoja-Łukowicz, prof. UJ oraz dr Marcelina Janik z Wydziały Biologii UJ stworzyły GenExpA – program działający w oparciu o nowatorską metodę. Nowe rozwiązanie łączy w sobie funkcjonalności programów wyznaczających najlepsze geny referencyjne oraz programów typu arkusze kalkulacyjne, które pozwalają na analizę poziomu ekspresji genu badanego, analizę statystyczną i interpretację graficzną wyników.
Program GenExpA został udostępniony jako open source do pobrania na ScienceMarket’cie – bazie wynalazków, usług badawczych oraz Open Source UJ. Program do pobrania TUTAJ.
Opracowane narzędzie informatyczne umożliwia:
1) selekcję referencji, o ulepszonej wartości stabilności, z wyjściowej puli potencjalnych genów referencyjnych;
2) określenie rzeczywistego poziomu ekspresji genów badanych i
3) prawidłową interpretację biologiczną wyników na podstawie kompleksowej analizy danych surowych otrzymanych w reakcji RT-qPCR dla wieloelementowych modeli eksperymentalnych (duże grupy badawcze złożone z linii komórkowych, próbek pobranych od pacjentów lub zwierząt).
Obecnie Centrum Transferu Technologii CITTRU UJ poszukuje podmiotów zainteresowanych współpracą przy wdrażaniu wynalazku.
Narzędzie informatyczne zostało opracowane z funduszy grantowych Narodowego Centrum Nauki, Polska (projekt badawczy nr 2016/21/B/NZ3/00348).
